根据莆田的旅游景点分布和住宿资源，以下是综合推荐：

一、市区住宿推荐

涵江区双亭御温泉度假村

- 位于涵江区，依山而建，环境优雅，集天然温泉、休闲娱乐于一体，适合追求舒适与放松的游客。

- 交通便利，既避开市区喧嚣，又靠近生态农业园等景点。

兴化府历史文化街周边

- 推荐古谯楼、兴化府历史文化街等景点，可体验莆田老城韵味与非遗文化。周边有特色小吃和商铺，适合深度游。

二、湄洲岛住宿推荐

湄洲岛台湾度假山庄

- 服务优质，提供妈祖文化体验活动（如信俗讲解、服饰体验），适合家庭游客。

- 部分套餐包含环岛游包车服务，性价比高。

李家小院民宿（莲池澳沙滩店）

- 价格实惠，设施完善，周边沙滩便利，适合预算有限的游客。

三、其他区域选择

文献步行街附近：

适合安排轻松行程，体验当地夜生活与美食。

九华山/壶公山：若计划爬山，可选择住在山脚下的酒店或民宿，方便次日出行。

四、住宿建议

旺季预订：湄洲岛和热门酒店需提前预订，尤其是台湾度假山庄等特色住宿。

交通规划：市区酒店多集中在城厢区或涵江区，湄洲岛建议包车或提前联系接送服务。

以上推荐综合了交通便利性、景点匹配度及性价比，可根据行程需求灵活选择。