奈欧斯奥特曼仅拍摄12集的主要原因如下：

资金短缺与高斯停播

奈欧斯原计划于高斯热播期间推出，但因高斯因演员事故下架导致播出受阻。圆谷为填补空缺，临时调整计划拍摄奈欧斯，但资金链紧张问题始终存在。

救场性质与剧情仓促

奈欧斯作为“救场作品”，未经过充分策划，剧情设计突兀且缺乏连贯性。圆谷和电视台认为其无法持续吸引观众，最终决定缩短制作周期。

高斯复播后取消

高斯停播问题解决后，圆谷认为奈欧斯无法与高斯形成有效衔接，且收视率低迷，遂决定提前终止拍摄。

制作方态度与后续影响

圆谷后期对奈欧斯项目态度消极，甚至有意淡化其存在。部分资料提到奈欧斯原计划以碟片形式发行，但最终仅TV播出2集，进一步加剧了作品被遗忘的命运。

综上，奈欧斯仅12集的结局是资金、剧情和制作方决策共同作用的结果。