旅行社增值税差额申报需根据业务类型选择适用政策，并按规范填写增值税申报表。以下是具体申报流程和注意事项：

一、适用差额计征的申报流程

填写申报表

在《旅游服务增值税申报表》中，将差额扣除金额填入"差额扣除"栏，并在"抵扣税额"栏对应填写该金额。

提供合法凭证

需提交旅游合同、发票等证明材料，以验证差额扣除的合法性和真实性。

计算与核对

根据公式：

$$计税销售额 = \frac{含税销售额 - 可扣除金额}{1+3\%}$$

填写主表时，将差额后的不含税销售额填入"服务、不动产和无形资产"列，同时确认"本期免税额"为0。

二、适用免征增值税的申报流程

填写增值税申报表附表

- 附表一：

填列价税合计额、征税收入（0）和免税收入（全额）。

- 附表二：分别填写免税部分和征税部分的销售额及扣除项目。

填写减免税申报明细表

选择对应免税性质代码，填入免税销售额及扣除项目金额，并确认适用税率为0%。

数据核对

检查"增值税附表"中：

- 免税收入对应无税额，征税收入对应有税额。

三、注意事项

差额扣除范围

仅限支付给其他单位或个人的住宿费、餐饮费、交通费、签证费、门票费等必要支出，且需取得合法票据。

申报期限

需在每月15日前提交申报材料，逾期可能影响纳税信用。

特殊场景

- 小规模纳税人若月销售额未达10万元，可免征增值税。

- 2020年疫情期间，部分企业可选择按免税金额申报，但需符合当时政策要求。

建议根据旅行社业务类型和收入规模，对照上述流程操作，并咨询当地税务机关确认最新政策。