根据搜索结果，日本旅游费用较低的季节主要集中在以下几个时段，结合气候特点和旅游需求综合分析如下：

一、冬季（12月至次年2月）

机票与住宿性价比高

此阶段为日本滑雪季，北海道等地区雪景优美，吸引大量游客。由于游客较多，酒店价格可能上涨，但提前预订可获取折扣。

温泉体验优惠

多地温泉度假村推出针对外国游客的优惠套餐，部分景点门票可享折扣。

二、春季（3月-5月）

樱花季（3-4月）

日本被称为“樱花之国”，3-4月樱花盛开，吸引大量游客。此时段旅游费用较高，但可通过提前规划避开人流高峰。

梅雨季前（5月下旬）

部分酒店和景点在黄金周后价格回落，气候温和，适合观光。

三、秋季（9月-11月）

红叶季（9-11月）

10月和11月红叶景观最佳，游客较多但分流能力较强。此时段避开了夏季高温和春节假期，旅游成本较低。

夏季末期

7月暑期结束至9月，部分景点恢复平价，适合家庭出行。

四、夏季（6月-8月）

梅雨季影响：

降雨频繁，部分户外活动受限。

暑期高峰：亚洲学生返程和家庭旅游集中，机票、酒店价格显著上涨。

五、其他建议

淡季出行策略：1月下旬至3月中旬（冬季）和5月下旬至6月（黄金周后）是综合成本最低的时段。此时段游客较少，景点门票和住宿折扣力度大。

区域差异：北海道、关东等热门地区淡旺季特征明显，中部及关西地区全年气候宜人，但旅游热点较少。

综上，若追求性价比， 1月下旬至3月（冬季）和 5月下旬至6月（黄金周后）是最佳选择；若偏好自然景观， 9月至11月（红叶季）亦值得考虑。