《新还珠格格》共三部，总集数及每部集数如下：

总集数

大陆版共98集，台湾版、香港版为80集，网络版为100集。

分部集数

- 第一部：

《燕儿翩翩飞》

- 集数：36集

- 剧情简介：夏紫薇与金锁从济南来到京城，经历冒险与身份纠葛，最终与父皇相认。 - 第二部：《风儿阵阵吹》

- 集数：38集

- 剧情简介：晴儿与乾隆微服出巡，揭露身份秘密，永琪与小燕子感情升温。 - 第三部：《人儿何处归》

- 集数：24集

- 剧情简介：尔康、永琪等人的劫囚行动，紫薇失明后经历逃亡与重逢，尔康受伤后紫薇复明。

总结：三部总集数因版本不同存在差异，大陆版统一为98集，分部集数分别为36集、38集、24集。