根据2025年最新机票信息，从中国飞往日本的航线中，以下城市和航空公司提供较便宜的选项：

一、主要经济舱航线价格参考

上海出发

- 大阪：

春秋航空特价期间往返仅需约693元起，部分时段低至8-11元（不含税）

- 名古屋：往返约1500元

- 福冈：往返2000元内（含春秋航空特价）

杭州出发

- 大阪：

税前价格约700元起

- 东京：部分航线特价低至389元（日本国内航班）

深圳出发

- 香港：

直飞航班价格低于日航，次卡产品可节省费用

- 东京：往返约1313元

其他城市

- 北京：

往返大阪1262元、东京1313元

- 重庆：直飞东京、大阪单程约900元

- 武汉/西安：联运飞福冈1000元起

二、购票建议

避开高峰期：

春季（3-4月）和秋季（9-11月）机票价格较低，建议提前规划行程

关注特价活动：

通过携程、飞猪等平台关注航空公司促销，部分航线折扣力度大

灵活出行：

若时间灵活，选择中转或夜间航班可降低成本

酒店优惠：

部分酒店预订平台（如E旅行）可享返现折扣

三、注意事项

汇率波动：部分低价可能受汇率影响，建议提前兑换日元

行李额度：部分航空公司（如春秋）7kg手提行李额无托运，超重需额外付费

综上，上海、杭州、深圳是飞往日本较便宜的城市选择，结合航线、季节和购票策略可进一步降低成本。