根据南通的旅游资源分布和住宿便利性，以下是综合推荐区域及住宿建议：

一、崇川区（推荐理由）

历史文化与景点集中

崇川区靠近南通博物苑、狼山风景区等核心景点，周边餐饮、交通便利，适合喜欢文化氛围的游客。

住宿性价比高

区内酒店、民宿数量多，选择范围广，人均消费低于100元，适合预算有限的游客。

二、港闸区（推荐理由）

静谧氛围与文化体验

靠近唐闸古镇，适合追求安静与文化底蕴的游客。古镇周边有特色民宿和精品酒店，环境优雅。

交通与景点连接

与崇川区隔江相望，可便捷游览海门老街等景点，适合家庭及情侣。

三、其他选择建议

海安市中心：

若想一站式体验江海风光与历史底蕴，可选择海安市中心附近的民宿，但需注意房源筛选。

特色酒店推荐：如南通隐沫酒店（军山风景区店），提供仿古风格住宿体验，价格399元起含餐宿，适合摄影爱好者。

四、交通提示

机场交通：南通兴东国际机场距市区约30分钟车程，机场巴士和出租车均便捷。

市区导航：崇川区与港闸区均有地铁站点，出行方便。

建议根据行程偏好选择区域，若时间充裕可错峰出行以提升体验。