苜蓿园的名称由来与皇家养马文化密切相关，其命名背景可归纳为以下几点：

植物特性与用途

苜蓿是豆科苜蓿属植物，原产西亚伊朗高原，具有耐旱、易繁殖等特点，是优质马饲料。汉武帝时期通过丝绸之路引入中国，主要用于皇家马匹饲养。

皇家需求与制度

先秦时期设立的太仆寺是最早管理马匹的官署，其下属机构开始种植苜蓿以供应宫廷马群。至元朝，蒙古族建立的大一统王朝继续重视马匹养殖，苜蓿园成为皇家专设的养马设施。

南京城的地理标识

南京城东的中山门外有一条南北向道路名为“苜蓿园大街”，元代时此处设有上林署，负责种植苜蓿并饲养马、骆驼、山羊等。明代朱元璋定都南京后，该地保留为南京城的重要地标。

历史沿革与功能演变

苜蓿园从最初的皇家专用设施，逐渐演变为南京城的重要地理标识，甚至成为地铁站（如南京地铁2号线苜蓿园站）的名称。

综上，苜蓿园的命名源于其作为皇家养马场的功能，兼具植物特性与历史价值，是南京城市文化的重要载体。