根据《还珠格格》第三部结局的权威信息，小燕子并未与皇上回皇宫，而是与永琪隐居大理。具体情节如下：

结局设定

小燕子与永琪放弃皇位，隐居云南大理，过上平民生活，开设茶园、农庄，享受田园时光。晴儿与萧剑成婚，慕沙也促成尔康与紫薇团聚。

皇室动态

乾隆皇帝微服私访时，曾前往大理看望小燕子等人，尔康陪同前往。但最终紫薇与尔康因婚事返回北京。

关键情节佐证

- 结局中，永琪留下七百三十封信与小燕子诀别，小燕子独自送别众人后隐匿。

- 皇后、容嬷嬷等皇宫人物与小燕子依依不舍告别，但无回宫情节。

综上，小燕子与永琪的结局是彻底离开皇宫，与家人团聚于民间，而皇室成员则因各自原因留在京城或返回故里。