根据南京的旅游特色和住宿需求，以下是综合推荐：

一、新街口区域（商业中心）

优势：交通便利，集中了南京最繁华的商业圈，拥有丰富的美食、商场和娱乐设施。

推荐住宿：可选择高端酒店如南京泊金花间堂·琵琶山居（钟山风景区内，含宠物友好政策），或性价比更高的经济型酒店/短租。

二、夫子庙老城区

优势：能深度体验南京传统文化，夜晚可游览秦淮河夜景，感受古都韵味。

住宿推荐：推荐夫子庙附近的民宿，部分设计古风，部分提供传统南京小吃，方便游览。

三、其他特色区域

钟山风景区

- 推荐酒店：

南京泊金花间堂·琵琶山居，位于16余公顷的琵琶湖公园内，客房依山傍湖，提供慢时光住宿体验，适合追求自然与宁静的游客。

- 交通提示：靠近中山陵、明孝陵等景点，适合安排一日游。

南京博物院/明城墙

- 若计划参观博物馆或登城墙，可选择新街口或夫子庙附近的酒店，方便出行。

四、住宿建议

旺季（如节假日）：

建议提前预订，并关注套餐包含的景点门票。

预算有限：新街口区域选择多样，性价比更高；夫子庙民宿价格区间广，可灵活选择。

南京的住宿选择丰富，可根据行程重点（商业、文化、自然）灵活搭配，建议错峰出行以提升体验。